Biyoinformatik Analiz Çözümlerimiz

Yeni nesil dizileme (NGS) sistemleri, tek baz çözünürlüğünde ve yüksek kalitede milyonlarca okuma (reads) üretmektedir. Fakat bu okumalar, genetik alfabedeki (A,G,C,T,U) harflerin diziliminden ibarettir ve anlamsal olarak bir şey ifade etmemektedir. Bu nedenle, NGS sistemleri tarafından üretilmiş okumaların analiz edilerek biyolojik olarak anlamlı bir hale getirilmesi gerekir. Bu nokta da güvenlir ve kampsamlı biyoinformatik analizler çok büyük önem arz eder; aksi takdirde, yoğun emek harcanıp ve yüksek harcamalar yapılıp da elde edilen ham veriler kullanılmayan/kullanılamayan bir bilgi yığını olarak kalacaktır.

FicusBio deneyimli uzman kadrosuyla aşağıdaki biyoinformatik hizmetlerini sunmaktadır.

• de novo assembly – referans genomu olmayan türlerde NGS okumaların (reads) birleştirilerek genomun ilk defa oluşturulmasıdır.
• Haritalama (mapping) – NGS okumalarının (reads) referans genoma haritalanmasıdır.
• Gen ve genom annotasyonu – gen ve ya genomun yapısal (intron, ekzon, intergenik vs) ve fonksiyonel (gen adı, görevi vs) olarak adlandırılmasıdır.
• Yapısal analiz – DNA/RNA dizisinde, SNP, DIP, CNV, PAV, duplikasyon, inversiyon, genomik rearrangement’ların belirlenmesidir.
• Sinteni/karşılaştırmalı genom analizi – farklı türlerin genomları arasında korunmuş homolog genlerin ve gen düzeninin analiz edilmesidir.
• Gen paneli analizi – dizilenmiş belirli gen gruplarının yapısal ve fonksiyonel analizi ve akademik/klinik seviyede raporlanmasıdır.
• RNAseq/transkriptom analizi – ifadesi olan tüm RNA türlerinin annote edilmesi ve ekspresyon değerlerinin belirlenmesidir.
• mRNA analizi – ifadesi olan mRNA’nın annote edilmesi ve ekspresyon değerlerinin belirlenmesidir.
• miRNA analizi – ifadesi olan miRNA’nın annote edilmesi ve ekspresyon değerlerinin belirlenmesidir.
• miRNA hedef gen analizi – miRNA hedef ve ya hedeflerinin yapısal ve fonksiyonel analizidir.
• lncRNA analiz – ifadesi olan lncRNA’nın annote edilmesi ve ekspresyon değerlerinin belirlenmesidir.
• Degradome analizi – dizilenmiş degradom ürünlerinin analizi ile miRNA hedef gen/genlerin bulunması ve bu genlerin yapısal ve fonksiyonel annotasyonudur.
• Gen ifadesi profilleme – genlerin ekspresyon eğilimlerinin (up/down regulation pattern) analiz edilmesidir.
• Gen ontoloji analizi – genlerin ontolojik (Biological process, Molecular function ve Cellular component) olarak annote edilmesidir.
• Yolak (pathway) analizi – gen/genlerin ekspresyon değerlerine göre ilişkilerini gösteren yolak haritasının kurularak analiz edilmesidir.
• Filogeni/evrimsel analizi – tür içi ve ya türler arasında evrimsel ya da dizisel benzerliklerin analiz edilmesidir.
• Metagenom/metabarkodlama analizi – türlenme çeşidini ve oranını belirlemek ve türlenmeyi annote etmektir.
• Metilasyon analizi – genomun belirli bir bölgesinde ya da tamamında metillenmiş dizilerin annotasyonu ve metillenme oranının belirlenmesidir.
• ChIPseq analizi – DNA üzerindeki protein bağlanma dizilerinin yapısal ve fonksiyonel analizidir.
• MeDIPseq analizi – immün çöktürme metodu ile elde edilen metillenmiş DNA dizilerinin yapısal ve fonksiyonel annotasyonu ve metillenme oranının belirlenmesidir.
• GBS/RADseq analizi – restriksiyon enzim kesimi ile dizilenen bölgelerin yapısal ve fonksiyonel analizidir.
• CRISPR sgRNA dizayn ve off-target analizi – CRISPR sisteminde, hedef spesifikliğini artırmak için yapılan analizlerdir.