RNA dizileme servisimiz
- Total RNA dizileme
- mRNA dizileme
- Hedeflenmiş RNA dizileme
- Küçük RNA (sRNA, miRNA) dizileme
- Gen ifadesi profilleme
- Long non-coding RNA (lncRNA) dizileme
- Degradom dizileme
- Gen Ontoloji analizleri
- KEGG yolak analizleri
- RNA annotasyonu
- RNA karakterizasyonu
- Hedef gen analizi çalışmalarını içermektedir.
Total RNA Dizileme
• Total RNA dizileme, ekspresyonu olan tüm kodlayan ve kodlamayan RNA türlerini dizileme imkanı sunduğu için transkriptomik bir bakış açısı sağlar.
• Total RNA dizileme, her bir transkriptin genel (gloabal) ekspresyon seviyeleri hakkında bilgi edinmemize imkan sağlar.
• Total RNA dizileme, ekzon, intron ve intergenik bölgelerin belirlenmesine katkı sağlar.
• Total RNA dizileme, yeni ve ya alternatif transkriptlerin belirlenmesine imkan sağlar.
• Total RNA dizileme, allel spesifik ekspresyonların ve transkript birleşmelerin (transcript fusion) saptanmasına imkan sağlar.
mRNA Dizileme
• mRNA dizileme, ekspresyonu olan ve fonksiyonel bir protein ürünü olan tüm poly-A tailed transkriptleri dizileme imkanı sunar.
• mRNA dizileme, sadece poly-A tailed RNA’ları hedeflediği için (tüm transkriptoma oranla yaklaşık %1-2) zaman ve fiyat avantajı sağlar.
• mRNA dizileme, hedefli transkriptomik bir yaklaşım olduğu için, yüksek derinlikte dizileme (coverage depth) imkanı sağlar. Buda düşük seviyede eksprese olmuş transkriplerin ve nadir varyasyonların belirlenmesine kolaylık sağlar.
• mRNA dizileme, kodlayan bölgelere ait yeni ve ya alternatif transkriptlerin belirlenmesine, allel spesifik ekspresyonların ve transkript birleşmelerin (transcript fusion) saptanmasına imkan sağlar.
Hedefli RNA Dizileme
• Hedefli RNA dizileme, belirli bir RNA türünü/dizisini hedeflediği için, yüksek derinlikte dizileme (coverage depth), daha fazla hassaslık ve düşük maliyet avantajı sağlar.
• Hedefli RNA dizileme, yüksek derinlikte dizileme sağladığı için, düşük seviyede eksprese olmuş transkriptlerin ve nadir varyasyonların belirlenmesine kolaylık sağlar.
• Bu nedenle, Hedefli RNA dizileme, kanser ve genetik hastalıkların belirlenmesi/izlenmesinde, ilaç, kemoterapi ve benzer uygulamaların RNA’ya vediği cevabın (response) anlaşılmasında etkin bir şekilde kullanılmaktadır.
Küçük RNA (small RNA) Dizileme
• Küçük RNA Dizileme, miRNA, piRNA, siRNA, snoRNA, snRNA gibi genellikle düşük seviyelerde eksprese olan ve 200 baz dizisinden küçük RNA türlerini (small RNAs) dizileme imkanı sunmaktadır.
• Küçük RNA türleri, gen susturma, gen ifadesi düzenleme, hücre gelişimi, proliferasyonu, farklılaşması ve apoptoz gibi önemli rol’ler üstlendiklerinden dolayı, bu RNA türlerinin baz seviyesinde çözünürlükleri bir çok moleküler mekanizmanın aydınlatılmasına ve yeni biyomarkörlerin geliştirilmesine önemli katkılar sağlayacaktır.
• Bu bağlamda, Küçük RNA Dizileme, yüksek hassaslıkta ve derinlikte dizileme imkanı sağladığı için, düşük seviyede ifade olmuş küçük RNA türlerinin tespit edilmesi ve bu türlerin uzunluk ve sekans düzeyinde heterojenliğinin anlaşılmasına imkan sağlayacaktır.
Uzun Kodlamayan RNA (lncRNA) Dizileme
• LncRNA’lar kodlamayan transkriptomun büyük bir kısmını oluştururlar ve transkripsiyonel kontrol, posttranskripsiyonel processing, kromatin remodeling, nükleozom repositioning, genomik imprinting, gelişimin düzenlenmesi gibi bir çok önemli mekanizmada rol alırlar. Protein ürünü olmayan 200 baz dizisinden büyük RNA türlerini (intergenik, intronik, antisense, overlapping, bidirectional vs) dizileme imkanı sağlayan bu dizileme ile lncRNA türlerinin baz seviyesinde çözünürlükleri bir çok moleküler mekanizmanın aydınlatılmasına ve yeni biyomarkörlerin geliştirilmesine önemli katkılar sağlayacaktır.
• LncRNA’lar kodlamayan transkriptomun büyük bir kısmını oluştururlar ve transkripsiyonel kontrol, posttranskripsiyonel processing, kromatin remodeling, nükleozom repositioning, genomik imprinting, gelişimin düzenlenmesi gibi bir çok önemli mekanizmada rol alırlar. Bu nedenle, lncRNA türlerinin baz seviyesinde çözünürlükleri bir çok moleküler mekanizmanın aydınlatılmasına ve yeni biyomarkörlerin geliştirilmesine önemli katkılar sağlayacaktır.
Degradom Dizileme
• Degradom Dizileme, miRNA tarafından degrade edilen mRNA’nın 5’ uncapped kısmını (miRNA kesim bölgesini, “cleavage site”) dizileme imkanı sağlar.
• Dizilenmiş kesim bölgeleri bilinen miRNA dizileriyle eşleştirilerek, miRNA’ların hedef dizileri belirlenir.
• miRNA’ların RNA susturma ve post-transkripsiyonel gen ifadesinin düzenlenmesindeki rol’leri göz önüne alındığında, miRNA-target ilişkisinin aydınlatılması büyük önem arz etmektedir.
• Bu bağlamda, Degradom Dizileme, yüksek hassaslıkta ve derinlikte dizileme imkanı ile, degrade mRNA ürünlerinin baz düzeyindeki çözünürlüklerini ortaya çıkaracaktır.